Com a abertura dos caminhos pelos povoadores de São Paulo, em direção a Minas Gerais, descobriram eles a Paraíba Nova, localizando-se no sítio de Campo Alegre (Rezende), onde o Coronel Simão da Cunha Gago, em busca da fortuna, juntamente com o Padre Felippe Teixeira Pinto, aí se estabeleceram.
Desbravada a serra de Itaguaí pelo lado do Sul, com a abertura de caminhos em seguimento, pela praia de Mangaratiba para a floresta virgem, outros povoadores do território foram se localizando num sítio distante do Campo Alegre para mais de 10 léguas, no lugar onde o rio da Cachoeira forma uma pequena queda. Ai João Machado Pereira assentou sua fazenda por ficar mais perto do porto do mar e da metrópole e por serem os terrenos de abundante fertilidade; por esse tempo já corria o nome de Paraíba Nova, por aquela região em contraposição a Paraíba do Sul, fundada por Garcia Rodrigues Paes Leme com a fundação de sua capela a margem do Paraibuna.
Governando a Capitania de São Paulo, Antônio da Silva Caldeira Pimentel, representou ao rei de Portugal sobre a conveniência da abertura de uma estrada que, ligando a Província de São Paulo ao Rio de Janeiro, evitasse o risco do mar e dos piratas, para que, com segurança, pudesse mandar os quintos de ouro.
D. João, atendendo a pedido daquele governador, mandou como resposta, em 5 de Novembro de 1728, uma carta ao governador da Capitania do Rio de Janeiro, Luiz Vahia Monteiro, na qual ordenava a este governador que fizesse no distrito de sua Jurisdição a estrada tão conveniente como convinha aos interesses dos povos daquelas capitanias, e que impedisse que os índios da aldeia de Itaguaí, (então dirigida pelos padres da Companhia de Jesus), se opusessem à construção do dito caminho. Ao que respondeu este governador dizendo já ter promovido o interesse na fatura daquela estrada. Para facilitar a construção da estrada então ordenada, foram concedidas várias sesmarias com a obrigação dos sesmeiros cultivarem a terra e ajudarem no caminho. Algumas dessas sesmarias foram concedidas a José Tavares de Siqueira, em 13 de Setembro de 1739, no Campo da Bocaina, caminho novo de São Paulo para o Rio de Janeiro (distrito de Guaratinguetá), idem a Francisco da Silva Valle, em 20 de Julho de 1754, no Ribeirão das Três Passagens (Passa-Três), caminho de São Paulo; idem a Manoel Alves da Silva Barros, em 14 de Março de 1760, na Freguesia Velha, caminho de São Paulo, Freguesia de São João marcos. Idem a Cosme Rodrigues de Mattos, em 12 de Setembro de 1761, na Serra de Boa Vista, caminho de São Paulo, Freguesia de São João Marcos, idem a André Pereira Maciel, em 28 de março de 1764, no caminho Novo de São Paulo, Serra de Itaguaí; idem a Lourenço Alves de Barros, em 26 de Fevereiro de 1766, caminho novo de São Paulo, Freguesia de São João Marcos, e a João Cardoso Mendonça e Lemos, em 27 de Agosto de 1800, no Ribeirão das Lages. Freguesia de São João Marcos; a Braz Gonçalves Portugal, idem a José Gonçalves Portugal e a Manoel Gonçalves Portugal, respectivamente, em 1775 – 1779 – 1792 – no Ribeirão das Lages e Capivari, entre outros.
E essa raça de bandeirantes, conquistadora das terras do Campo Alegre, iniciava a luta contra índios, ajustando tribos e dominando outras, dividindo entre si os sítios, improvisando fazendas e estabelecendo leis políticas, que lhes assegurassem a paz e a ordem pública nos seus grandes domínios, que se estendiam do sertão ao mar – do vale imenso da Paraíba nova até à cordilheira da Serra Marítima.
Depois conquistadores e conquistados, formando um só povo, suavizados da rudeza primitiva, tornaram-se mais dóceis, após ter abraçado os ensinamentos do Evangelho, estabelecendo um único código que regulava o direito comum e os deveres de cada um.
E nesse rincão de verdejantes maciços de lindas árvores, cujas flores silvestres espalhavam o aroma inebriante de seus aromas, fundava João Machado Pereira sua capela em 1739, tendo por padroeiro São João Marcos. O distrito com esse nome se comunicou rápido com todo território que se ia povoando naquela fertilíssima região desconhecida.
Ereta a capela de São João Marcos, com autorização do frei Antônio Guadalupe, não pertencia a nenhuma jurisdição eclesiástica, distando de longos dias de viagens das freguesias mais próximas, que eram Guaratiba e Marapicu.
O espírito de fé religiosa que dominava em seus habitantes fez com que tivesse a sua Capela o predicamento de curada, o que efetivamente se verificou em 1742, por provisão de 3 de Dezembro desse mesmo ano, sendo seu primeiro capelão o padre Antônio Fernandes da Cruz, que deu a capela livros de assentamentos paroquiais, legalizados com a rubrica do deão Gaspar Gonçalves de Araújo, provisor do bispado.
Seu fundador dotou-a com $100.000 anuais e uma légua de terras, como se infere da escritura passada nas notas do Tabelião Faustino Soares de Araújo, no ano de 1748, livro 49, fls. 32 (Pizarro).
Tal foi, porém, o desenvolvimento da freguesia, que o pároco projetou construir novo templo, onde se acomodasse a crescente população.
E assim se fez, dando-se inicio às obras com os materiais necessários, mas não ficando o povo contente com o seu local, reparou se apenas a antiga capela e, por determinação do visitador padre Manoel Antunes Proença, em 1760, fez-se um acréscimo de um alpendre. Não se satisfazendo ainda os habitantes do arraial, com esses melhoramentos, com autorização da provisão ordinária, de 18 de outubro de 1763, e com o desejo do padre frei Francisco Antônio d’Alba Pompéia, capuchinho italiano, e que por ali passou em santa missão, em 1792, transferiu-se para o sítio das Panelas o local da nova Igreja, onde se assentou definitivamente a pedra fundamental da grandiosa matriz de São João Marcos, sendo iniciadas as suas obras gerais, em 8 de janeiro de 1796. Começou o novo templo a funcionar em 1 de novembro de 1801, com a transladação solene da imagem do padroeiro, do Santíssimo Sacramento e da pia batismal.
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